Prema prvim pisanim dokumentima, ljekarnici kao posebno zanimanje koje plaća splitska komuna, spominju se pred kraj 13. stoljeća i početkom 14 st. Ljekarnike za općinstvo bira komuna i zabranjuje njihovo udruživanje s bilo kojim liječnikom (Statut grada iz 1312 god.)
Ljekarne su vremenom mijenjale svoj oblik, da bi ostala, danas u Splitu najstarija ona u prizemlju zgrade u Marmontovoj 2. Ova je zadržala svoju izvornu funkciju, namještaj i ostalu opremu. Otvorio ju je, oko 1854 g. gosp. Jovo Matačić. Prostor je opremio namještajem iz Italije, iz jedne ljekarne, oko 1890.god. Namještaj je prilagođen prostoru, a o njegovoj izvornosti svjedoče, uz ornamentalne neorenesansne ukrase i figuralni prikaz s likom Galena, grčkog liječnika u Rimu (129-199.g.), te lik Eskulapa, boga liječnika u rimskoj mitologiji. U privatnom vlasništvu je sve do nacionalizacije 1948.god.
Nakon II svjetskog rata na području općine Split je bilo 12 ljekarni, sve u privatnom vlasništvu, i to 9 u samom Splitu, po jedna u Kaštel Sućurcu, Kaštel Starome i Solinu. God. 1948 sve ljekarne bivaju nacionalizirane, da bi bilo osnovano poduzeće NARODNE LJEKARNE. God 1954. rasformirano je poduzeće Narodne ljekarne, a osnovano je 10 ljekarni kao samostalne ustanove.
U međuvremenu su neke ljekarne mijenjale svoje sjedište (iz Krešimirove ulice na Narodni trg - 1954, sa Solinske na današnju Gundulićevu ulicu). God. 1962 integriraju se sedam ljekarni u gradu u novu ustanovu , Gradska ljekarna, dok samostalnost zadržavaju one u Solinu, Kaštel Sućurcu i Kaštel Starom, da bi iste ušle 1964 u sastav jedinstvene ustanove. Nakon objedinjavanja, ustanova se širila uređenjem Galenskog laboratorija (1965), otvaranjem Odjela sanitarne robe i niza drugih ljekarni.
God. 1993, Gradska ljekarna iz društvenog vlasništva prelazi u vlasništvo Županije splitsko-dalmatinske, te mijenja naziv u Ljekarna Split. Povratom imovine (denacionalizacijom) prve ljekarne, koje su ušle u sastav ustanove i bile podlogom širenja mreže ljekarni i ukupnog razvoja ustanove, postaju neizvjesnije, jer, tržišni odnosi nemaju sluha za zdravstvenu djelatnost a time ni ljekarništvo kao jednu od najstarijih djelatnosti u ovom gradu.
Od 01.01.2004. god. odlukom Županijskog poglavarstva Županije Splitsko-dalmatinske, Ljekarni Split, bivaju pripojene ljekarničke jedinice iz Doma zdravlja Splitsko-dalmatinske županije (sedam ljekarni i depoa), koje nisu date u zakup tamo uposlenim mr.pharm.
Početkom 2004.god. odlukom istog tijela, spajaju se ustanove „Ljekarna Makarska“, „Ljekarna Sinj“ i „Ljekarna Split“ u jedinstvenu ustanovu „Ljekarnu Splitsko-dalmatinske županije“. Kao takova, ustanova svoju djelatnost obavlja putem 37 ljekarni, 3 depoa lijekova, 1 specijalizirane prodavaonice te 2 laboratorija (Galenski laboratorij i Laboratorij za provjeru kakvoće galenskih pripravaka).